Muy poco después de que Polonia recuperara la independencia, en abril de 1919, se formó la Flotilla Pinsk, que a partir de 1931 se denominó Navy River Flotilla (abreviado como MW). Esta flotilla, como indica su segundo nombre, que depende organizativamente de la Armada polaca, era responsable de las actividades de patrullaje y vigilancia, así como de la cooperación con las fuerzas terrestres en las zonas fronterizas orientales de la Segunda República Polaca, y más concretamente en Pripyat, Ríos Pina y Strumieñ. La flotilla participó activamente en la guerra polaco-bolchevique (1919-1939), tomando parte en la conquista de Mazyr, y más tarde en la expedición de Kiev (1920). Sin embargo, en agosto de 1920, en vista de la inminente ofensiva soviética, la Flotilla se disolvió, pero se reactivó para el servicio en 1922. Tres años más tarde, se convirtió en la única flotilla fluvial de la Armada polaca. La base principal de la flotilla era Pinsk, donde había cuarteles de la flotilla, todos los edificios administrativos, un puerto de cosas y, en los años 1928-1937, una base de hidroaviones. En 1939, la Flotilla constaba del cuartel general, tres escuadrones de combate, un departamento de minas y gas, un departamento de comunicaciones, un servicio técnico de emergencia y la administración del puerto naval en Pinsk. La flotilla participó en los combates de la campaña de septiembre, pero durante la campaña las tripulaciones de los barcos hundieron prácticamente todas sus unidades para que no cayeran en manos enemigas.